Накладка із зображенням святого Миколая

Вперше музей під назвою "Склад місцевих старожитностей" на території Херсонеса було створено ще у 1892 р., відтоді він почав користуватися великою популярністю серед широкої публіки. Спочатку заклад знаходився на березі Карантинної бухти, а на місці стародавнього городища був розташований монастир св. Володимира. Херсонеський державний історико-археологічний заповідник з кількома філіями, зокрема: "Фортеця Чембало", "Фортеця Каламіта" і відділом "Гераклейські клери" було створено постановою Ради Міністрів УРСР 31.01.1978 на базi нерухомих пам'яток культурної спадщини античного й середньовічного Херсонеса та Історико-археологічного музею. З 1994 він є державною власністю України й підпорядкований Міністерству культури України. Експозиція музею в двох будівлях відповідає двом історичним епохам: античній і середньовічній, до окупації рф у 2014 році колекція музею налічувала понад 200 тисяч експонатів, багато з яких є унікальними. Головним об'єктом огляду є саме городище Херсонес - музей під відкритим небом.
Після окупації території півострова, особи підконтрольні рф, на регулярній основі проводять незаконне будівництво та реконструкцію на території об’єкта. До того ж рф вивозить культурні цінності і знахідки з національного заповідника "Херсонес Таврійський". Зокрема колекцію артефактів візантійського періоду перевезли до Великого Новгорода (російська федерація) під прикриттям виставки федеральних музеїв під назвою "Золото Візантії", присвяченої 570-річчю падіння імперії.