Інститут здійснює розробки технологій подвійного призначення, зокрема:
- протиобледенільне покриття для безпілотних літальних апаратів;
- матеріал для космічних літальних апаратів в рамках проєкту зі створення вітчизняного супутникового інтернету;
- технологія виготовлення турбінних лопаток авіаційних двигунів;
- організація виробництва фотонних чіпів за технологією "кремній на ізоляторі" тощо.
Окрім того, Сколтех виконує науково-дослідні та дослідно-конструкторські роботи в рамках федерального проєкту "Перспективні технології для безпілотних авіаційних систем" на тему розробки технології виробництва сітчастих композитних силових конструкцій безпілотних авіаційних систем.
У липні 2026 року Міністерство оборони США внесло Інститут до перілку установ, які беруть участь у діяльності, що загрожує інтересам національної безпеки США та запровадило заборону на співпрацю з Сколтехом і фінансування будь-яких програм та досліджень за участі Інституту або його співробітників.
Сколтех співпрацює з російськими підприємствами ОПК, зокрема з Об’єднаною авіабудівною корпорацією (ОАК), АТ "Науково-виробнича корпорація "Уралвагонзавод", державною корпорацією "Росатом", Центральним аерогідродинамічним інститутом імені М. Є. Жуковського (ЦАГІ), ПАТ "Яковлєв" та АТ "Центральний науково-дослідний інститут спеціального машинобудування" (ЦНДІСМ).